Históricamente, FLACSO-Chile tiene como misión la de promover el conocimiento, y de forma especial a la educación universitaria y postgrado. Ello se expresa, entre otras manifestaciones, en la publicación de libros y documentos de trabajo, la venta y/o distribución de éstas y la participación en ferias internacionales y ferias especializadas; a través de los cuales se dan a conocer los resultados de sus investigaciones, se sintetizan las recomendaciones de política y se sistematizan los materiales docentes.
Desde 2001 en adelante, se han publicado en la Sede 460 textos bajo el sello FLACSO-Chile, y en 2008 desataca la colaboración para la coedición de otras instituciones como UNFPA, OEA, SEGIB, CEPAL, University of Birmingham, W. K. Kellog Foundation, FES-Chile, OIJ, International Center for Transitional Justice (ICTJ), Coalición Internacional de Museos de Conciencia en Sitios Históricos, ICMER, Prosalud-Chile, APROFA, Asociación Chilena de Municipalidades y Crecer Educa; con las cuales se realizaron 12 publicaciones impresas, entre las cuales se encuentran 2 libros, 8 reportes y 2 documentos de trabajo.
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