La Red de FLACSO está compuesta actualmente por 17 países, todos ellos de América Latina y el Caribe, que trabajan de forma independiente pero bajo una misma misión: promover las ciencias sociales en sus respectivas zonas.El funcionamiento de la FLACSO está regido tanto por su Legislación Interna de la organización, como por las directrices que emiten los órganos de gobierno (La Asamblea General, el Consejo Superior, el Comité Directivo y los Consejos Académicos de cada Sede). La coordinación del funcionamiento de FLACSO, así como su representación legal, está bajo la responsabilidad de la Secretaría General, la cual tiene Sede en Costa Rica desde 1979. De los 17 integrantes de la Red FLACSO, doce de ellos poseen sedes que realizan actividades académicas, en docencia, investigación, difusión, extensión académica y cooperación técnica.